目前，心理学系设有基础心理学和应用心理学两个本科专业，有认知神经科学、工业与经济心理学、发展与教育心理学、临床心理学四个教研室，形成了比较整齐的学科建制

1、认知神经科学教研室
主要研究知觉、注意、记忆、语言、思维、意识、社会认知等大脑高级功能的认知、神经机制。设有认知心理学实验室、实验心理学教学实验室、脑成像实验室、神经经济学实验室、生理心理学教学实验室，视知觉研究实验室和灵长类动物电生理实验室等。

2、工业与经济心理学教研室
该教研室研究方向主要包括：组织管理心理学、人事评价与甄选、绩效评估、职业生涯规划、领导力开发、群体决策、风险认知、文化与认知、消费行为、广告心理学、投资心理学/行为金融学等。

3、发展与教育心理学教研室
研究方向包括：儿童早期语言的获得和发展、儿童阅读正常与异常发展、儿童社会性正常与异常发展、儿童执行控制能力和心理理论的发展、儿童问题行为的形成机制及预防和干预措施等。

4、临床心理学教研室
研究方向包括中国人人格特征、羞耻和社交焦虑、应激和压力管理、强迫症病人认知功能等，设置了系统的临床心理学教学课程，包括变态心理学、心理测量、心理咨询与心理治疗概论、会谈与诊断、临床心理学专题、人格与社会心理学、心理动力治疗、认知治疗、家庭治疗、伦理规范等，并有精神科见习、心理治疗实习，以及系统的督导训练，具有与国际接轨的临床心理学研究生培训方案。
除了健全的心理学教研室，心理学系还有一系列设施服务于教学、科研各个领域，现有实验认知心理学、生理心理学、发展与教育心理学和应用心理学4个教学实验室，包括专用的计算机教室，各种录音录象设备，实验动物中心。心理学系拥有一幢独立的用于神经生理心理学与动物心理学研究、教学的实验楼，一个专设的用于发展心理学研究、教学的实验室，一个独立的综合研究实验区，及一个行政办公区，并与校医院合建有心理诊所。总面积约3000平米，配备了先进的仪器设备，如：多导事件相关电位系统、TMS系统、双眼竞争实验系统、多媒体电脑、眼动仪、多导仪、液相色谱、摄录像编播系统和语音分析系统等。

1)生物心理学实验室
A. 生理心理学教学实验室
生物心理实验室以灵长类和啮齿类动物为主要研究对象，是高校中唯一一个灵长类实验室。目前正在开展的研究工作包括动物行为、动物认知、心理行为发生发展机制比较研究，精神分裂症动物模型的建立及其机制研究。承担的科研项目主要有国家自然科学基金，973子课题等。北京大学心理学系从1981年起开设“生理心理学实验课”。根据学科发展的需要，实验课的教学内容和实验教材经过了数次革新，并研制开发了适合教学的实验设备，如动物行为训练操作系统等，为同学们从事此方面的工作打下了坚实的基础。目前该课程已成为心理系的特色课程之一。
B.电生理实验室
该实验室的研究领域为听觉认知的心理物理学和神经科学、言语加工的听觉机制、言语的信息掩蔽与能量掩蔽的理论模型以及神经机制、情绪学习的神经生物学、精神分裂症的动物模型。该实验室的负责人为李量教授。

2)认知心理学实验室
A.实验心理学教学实验室
该实验室是著名心理学家陈舒永教授和杨博民教授于1978年北京大学恢复重建心理学系时成立的，他们率先在国内开设了实验心理学课程。目前该实验室主要用于本科生实验心理学实验课的教学。所承担的课程“实验心理学”于2004年被评为国家级精品课程。该实验室研制的 “PES心理实验系统（Psychological Experiment System）”于1994年获得国家教委委级鉴定（鉴定号：94教仪鉴16号），是目前国内心理学界唯一通过鉴定的计算机辅助教学系统。实验心理学是目前心理学系本科生主干基础课程中学分最多、实验数量最多、学生撰写实验报告最多的一门课程，具有整齐的教学队伍、丰富的教学手段、完善的教材建设。该实验室负责人为耿海燕副教授。
B.ERP&TMS实验室
在北京大学“创建世界一流大学工程”学科建设项目支持下，认知脑成像实验室于2001年11月建成并投入使用，目前主要的实验设备包括事件相关电位（ERP）系统和穿颅磁刺激系统（TMS）。该实验室用于支持认知神经科学方面的科学研究和教学工作，由韩世辉教授负责。
C.心理与行为实验室
在北京大学“校级本科基础学科人才培养基地”建设项目支持下，心理与行为实验室于2007年6月建成并投入使用。该实验室用于支持本科生的教学工作和科学研究，由吴艳红教授负责。
D.认知心理实验室
该实验室的研究方向有三个：语言加工、注意与执行控制、以及社会神经科学，试图以多种研究手段、从行为和神经机制两个层面上阐述人类认知和社会活动的本质。该实验室的负责人为周晓林教授。
E.视知觉研究实验室
视知觉实验室由北京大学“985”工程支持建设。主要的实验设备包括剑桥视觉研究系统 （Cambridge Research System）， SMI 500Hz 高速双眼眼动仪，立体镜，以及附属的头托和额托，该实验室负责人为方方教授。

3)应用心理学实验室
多媒体行为实验室
该实验室是经由学校社科部支持、学校有关机构批准建立，由211计划资助，于2001年建成投入使用，专用于应用心理与行为研究的教学与研究实验室。从事社会心理学、工业与组织管理心理学、领导心理学、消费与广告心理学，经济心理学等综合性研究。该实验室的负责人为施俊琦博士。

4)发展与教育心理学实验室
儿童发展心理学实验室
该实验室是由著名心理学家孙国华先生于1955年9月创建，著名心理学家吴天敏、许政援教授曾在此工作，并承担完成国家教委“八五”、“九五”规划重点课题的研究工作。实验室的研究方向为：儿童语言和阅读性发展，社会性发展，数学认知能力发展。该实验室负责人为王莉副教授。